L'AIFA è un organismo pubblico legato al Ministero della Salute che opera in raccordo con le Regioni, l'Istituto Superiore di sanità, gli IRCCS (Istituti di ricovero e cura a carattere scientifico), le associazioni dei pazienti, i medici e le società scientifiche, il mondo produttivo e distributivo per una nuova politica del farmaco.